FDA已创建并实时应用了实时公共卫生用途，这是一种基于美国的开放源代码 全基因组测序 （WGS）的州，联邦和商业合作伙伴集成网络。该网络称为“GenomeTrakr”代表了第一个分布式基因组食品防护罩，用于识别和追踪食源性暴发病原体。仅在第三年，GenomeTrakr就已经加强了对食源性疾病暴发和合规行动的调查，能够更准确，更快速地召回受污染的食物，并在食品生产环境中有效地监控预防措施。由此产生的食源性病原体的公共基因组数据库可以极大地支持调查人员将特定食品，加工场所和农场联系起来的能力，从而为污染食品的来源提供宝贵的见解。 GenomeTrakr本质上为单个病原体的完整基因组成创建了一个可搜索的数字高分辨率指纹，从而使其他难以区分的细菌易于分离和鉴定。
“这个[数据库]显然是迄今为止用于追踪和追踪病原体的最强大的方法，我们希望它对食品安全具有非常显着的积极影响，” FDA中心的科学操作副主任Steven Musser博士说。食品安全与应用营养（CFSAN）。考虑到FDA食品检查员的数量有限以及食品供应的全球性质，GenomeTrakr的开发和持续构建（添加序列和元数据）至关重要。
该网络对食品安全的影响令人印象深刻。它目前的成员包括30个公共卫生，食品安全以及来自联邦，州和国际利益相关者的学术实验室。该网络已经显示出在增强 可追溯性 国家一级的食品和饲料供应污染事件，包括 沙门氏菌 和 李斯特菌 单核细胞增生。此外，微生物病原体的WGS现在已经取代了传统的微生物学分析，并提供了快速的单一数据输出摘要来进行抗菌素耐药性分析，高风险毒力概况检测以及取代血清学，表型和经典培养物检测的常规鉴定策略，从而使该技术对于有效的公共卫生应对细菌暴发的措施。
WGS的重要角色
最近与食用鲜切农产品有关的毁灭性暴发强化了以下观念，即食源性疾病仍然是对公共卫生的重大全球挑战。有时，减轻食源性疾病似乎是一个棘手的挑战。一个长期存在的问题是能否快速识别与所调查的暴发有关的食物。尽管食品安全专家做出了最大的努力，但是用于追踪食源性暴发的工具有时太慢或缺乏信息，无法有效地确定暴发的源头。由于传统分型方法的局限性，联邦公共卫生和食品安全实验室正在利用WGS来界定暴发范围，追溯到点源，并就病原体可能具有的重要特征（如抗药性）做出早期预测。高度平行的机器人基因组测序仪可以在数小时内对细菌病原体的DNA进行测序。结合经过验证的，经过分析的生物信息学管线（例如由FDA CFSAN建立的管线），可以识别出准确而稳定的遗传变化，从而可以区分出食源性暴发菌株，直至源头为止，包括特定的农场，食品类型和地理区域。
CFSAN微生物学部主任埃里克·布朗（Eric Brown）博士将WGS在划定食源性暴发方面的应用与哈勃太空望远镜对我们对星系的理解产生的影响进行了比较。 “你能想象天文学家对哈勃发回第一张宇宙照片的感觉如何？这正是我们在2009年第一次将WGS应用到 沙门氏菌引起的食源性爆发。”
最近发表的许多例子说明了WGS能够分辨其他情况下无法区分的分离株的高分辨率遗传相关性。国内外许多公共卫生机构都使用该技术进行了原理验证研究。如此之多，WGS在病原体快速来源追踪方面的成功已被充分证明。 2012年，美国有425人因摄入其中含有 沙门氏菌 裸露或 沙门氏菌 恩加通过传统的流行病学方法，这些疾病最终与从印度进口的被称为Nakaochi Scrape的冷冻生黄鳍金枪鱼产品有关。 （Nakaochi Scrape是从金枪鱼的骨头上刮下来的金枪鱼背肉，可用于寿司，生鱼片，酸橘汁腌鱼和其他类似菜肴。）